Il n'y a pas de reproduction sexuée connue dans l'aire d'introduction. La reproduction du myriophylle hétérophylle s’effectue de manière végétative par fragmentation des tiges et division du rhizome. Un fragment de tige de moins d'1 cm avec un seul nœud suffit à produire un nouveau plant. Les tiges robustes ne se cassent généralement pas toutes seules, la fragmentation est causée par les activités humaines ou les animaux (poissons ou oiseaux). La dispersion des fragments est liée aux activités humaines (rejets d'aquariums, curage d'étangs, etc.), possiblement aux oiseaux et au courant.

Éviter d'acheter cette espèce pour l'ornement des étangs, bassins et des aquariums. Le myriophylle hétérophylle est désormais inscrit sur le Règlement européen n°1143/2014 relatif à la prévention et à la gestion de l'introduction et de la propagation des espèces exotiques envahissantes, repris par arrêté ministériel du 14 février 2018 détaillant la liste des espèces animales et végétales exotiques envahissantes sur le territoire métropolitain. Il est ainsi interdit d'introduire cette espèce dans le milieu naturel, de l'utiliser, de la transporter, de la détenir, de l'échanger ou de la commercialiser.

L'arrachage manuel permettrait de réduire les populations pour les très petites zones envahies (quelques individus). Cependant, en plus d'être fastidieux, il faut faire attention à ne pas casser les tiges et à retirer l'ensemble du rhizome sans quoi l'action aura été contre-productive. De plus, et il faut poser des filets à l'aval du site en gestion et ramasser l'ensemble des fragments qui aurait pu être éparpillés.

Le faucardage combiné àd'autres techniques manuelles ou mécaniques permet de réduire les populations, mais il doit impérativement être effectué en posant des filets à l'aval et en récupérant tous les fragments manuellement. Le faucardage a un effet seulement à court terme.

Le hersage, qui consiste à gratter le fond du cours d'eau, permet de déraciner la plante. Par contre, le poids de la machine peut entrainer une dégradation des berges et des digues (et favoriser la casse des tiges et la dispersion de la plante). La herse peut également être positionnée sur un ponton flottant afin de limiter les dégâts sur les berges. Un filet doit être également posé afin de récupérer les fragments du myriophylle hétérophylle. 

Des toiles opaques peuvent être posées au fond de l'eau durant 45 à 60 jours afin de stopper la pénétration de la lumière et donc la croissance du myriophylle hétérophylle. Cependant, les toiles bloquent également la lumière pour les plantes indigènes, cette méthode est donc plutôt utilisée pour des peuplements monospécifiques.

Un assec prolongé peut également être utilisé comme méthode de contrôle, mais il peut avoir un impact négatif sur la flore et la faune indigènes présentes sur le site envahi.

De nombreux herbicides ont été utilisés aux États-Unis pour lutter contre le myriophylle hétérophylle, avec plus ou moins de succès. Cependant, depuis 2009 en France, tous les herbicides sont interdits dans les milieux aquatiques ou humides. Pour rappel, l’utilisation d’herbicides est interdite à moins de 5 m d’un cours d’eau ou d’une zone de captage et inappropriée en sites naturels. Les méthodes de lutte chimique ont des impacts négatifs sur l’environnement et la santé humaine : il est indispensable de privilégier des méthodes alternatives. De plus, il est nécessaire de se tenir au courant de la législation en vigueur en matière d'utilisation de produits phytosanitaires : http://e-phy.agriculture.gouv.fr/

Les carpes chinoises (Ctenopharyngodon idella) peuvent réduire les populations de myriophylle hétérophylle mais ne permettent pas de l'éliminer. Cependant, en France, il est interdit d'introduire ces espèces en milieux naturels ou semi-naturels.

Le faucardage mécanique utilisé seul accentue la propagation du myriophylle hétérophylle en produisant de très nombreux fragments. L'efficacité de cette technique utilisée seule est de plus limitée : elle ne permet de faire disparaître que transitoirement la partie visible des herbiers.

Des expériences d'introduction de la carpe chinoise ont été peu concluantes. Ce poisson consomme préférentiellement les autres végétaux aquatiques.

L’arrachage manuel depuis une embarcation est compliqué à mettre en œuvre. La maniabilité des bateaux est réduite et le myriophylle mouillé est lourd, ne facilitant pas les déplacements sur le site (GT IBMA, 2016).

De grands volumes de matière végétale en décomposition laissés sur les berges des rivières et zones humides sont inacceptables (risque de dissémination).

Les déchets peuvent être mis à sécher hors zone inondable. Attention! l'espèce étant réglementée, les produits d'arrachage doivent être évacués directement vers un site de traitement des déchets verts (incinération) ou stockés temporairement en dehors de toute zone humide ou susceptible d'être inondée (sous réserve dans ce cas de l'obtention d'une dérogation au transport de l'espèce) en vue d'être ensuite traités. Une valorisation des déchets verts (unité de compostage ou méthanisation) ne peut être envisagée du fait d'aucune peuve d'inocuité des rémanents de valorisation. Les déchets verts doivent donc être incinérés.

Il faut impérativement poser des filets (petites mailles) en aval et récupérer tous les fragments pour éviter de propager l'espèce. Des épuisettes sont aussi utiles pour ramasser les boutures.

Les engins et outils doivent faire l'objet d'un nettoyage, avant de traiter la zone pour ne pas importer de nouvelles graines d'espèces exotiques, et après les travaux pour ne pas les introduire vers d'autres lieux lors de futurs travaux.

Espèce végétale exotique envahissante sur le territoire métropolitain :

- Règlement d'exécution 2017/1263 de la Commission du 12 juillet 2017 portant mise à jour de la liste des espèces exotiques envahissantes préoccupantes pour l'Union établie par le règlement d'exécution (UE) 2016/1141 conformément au règlement (UE) no 1143/2014 du Parlement européen et du Conseil.
- Arrêté du 14 février 2018 relatif à la prévention de l'introduction et de la propagation des espèces végétales exotiques envahissantes sur le territoire métropolitain. Annexe I-2.